あらすじ　

第1幕　
第1場　 序曲に続いて、日本的狩衣を着た王子タミーノ(テノール)が、大蛇に追われて気を失う。夜の女王の3人の侍女が現れ、大蛇を退治し、女王に告げに行く。そこへ　女王の鳥刺しパパゲーノ(バリトン)が陽気に笛を吹き歌いながら現れ、気がついたタミーノが「彼が大蛇を殺してくれた」と感謝すると、｢そのとおり｣と自慢する。3人の侍女が現れ、パパゲーノに嘘をついた罰として彼の口に錠前をかけ、タミーノには　女王の娘パミーナの肖像画を贈り、彼は｢何と美しい｣とアリアを歌う。3人の侍女が、パミーナはザラストロの神殿に捕われの身であると伝えると、タミーノは彼女を救出しに行くと誓う。雷鳴が鳴り、夜の女王(ソプラノ)が現れ、もし娘パミーナを救えば彼女との仲を認めると約束する。出発しようとするタミーノに口のきけないパパゲーノが、｢フムフム｣言い、3人の侍女がパパゲーノの錠前を外し、タミーノには　魔法の笛、パパゲーノには銀の鈴を渡してタミーノのお供をして行くように命じ、道案内は3人の童子がすると告げる。
第2場　 ザラストロの神殿。2人の奴隷が｢ムーア人モノスタートスが、いつもパミーナを追い掛け回しているが、彼女は上手く逃げている｣と噂話をしている。そこへパミーナ(ソプラノ)が、ついにモノスタートス(テノール)に捕まって連れて来られ、彼に言い寄られ気を失ってしまう。モノスタートスが　奴隷達を退場させた所にパパゲーノが来て、２人は互いの奇妙な姿に驚き退散する。パミーナが気がついた所へパパゲーノが戻って来て、タミーノから預かった肖像画で彼女がパミーナである事を確認、彼女に｢やがてタミーノが助けに来る｣と告げる。
第3場　 神聖な森の中、叡智、理性、自然の３つの神殿がある。３人の童子に導かれてタミーノが登場し扉を叩くと、弁者(バス)が現れ｢ザラストロは悪者ではない事、パミーナは生きている事｣を告げる。喜んだタミーノが魔法の笛を吹くと、様々な動物達が現れ、パパゲーノの笛の音もそれに呼応する。パミーナとパパゲーノは、タミーノの笛の音の方に急ごうとする。モノスタートスが2人を捕まえるようとするので、パパゲーノが万事休すと魔法の鈴を鳴らすと、彼らは踊り出してしまい歌いながら退場する。大祭司ザラストロ(バス)が万歳の合唱と共に現れ、パミーナは逃亡しようとした事を告白して、ザラストロは優しく諭す。そこへモノスタートスがタミーノを捕まえて来る。パミーナとタミーノは一目見て、互いに夢見た恋人だという事を認め抱擁する。モノスタートスは、ザラストロにタミーノこそが犯人だと言うが、ザラストロは彼に鞭の刑を与え、パミーナとタミーノには｢2人はまず試練を受けなければならない｣と言い、2人にベールを被せ、合唱がザラストロを称える。

第2幕　
第1場　 ザラストロが、｢夜の女王から受けた誤った先入観を払拭して、タミーノが徳の高い若者となるように試練を与え、その暁にはパミーナを妻として与えたい、その為にパミーナを驕慢な母親から離して今迄ここに留めておいたのだ｣と祭司一同に理解を求める。
第2場　暗闇の中にタミーノとパパゲーノがいて、パパゲーノが恐ろしがるのをタミーノがたしなめる。弁者が現れタミーノの決心を問い、彼は叡智の愛を得る為にはどんな試練にも耐える覚悟を告げる。自然人パパゲーノはたじろぐが、沈黙の試練に耐えれば若く美しい恋人パパゲーナが得られると約束される。2人の祭司が｢女の企みにご用心｣と歌って去ると、夜の女王の3人の侍女が現れ話しかけるが、タミーノは沈黙を守り話し出したパパゲーノをたしなめる。雷鳴が鳴り侍女達は消え失せ、パパゲーノは気絶する。弁者がタミーノを褒め第2の試練へと導き、起こされたパパゲーノも不平を言いながら同行する。
第3場　眠っているパミーナにモノスタートスが近づき、｢黒人が白人に恋してはいけないだろうか｣と反問していると、夜の女王が現れ、パミーナに短剣を渡し｢ザラストロを殺してかつて夫が支配していた太陽の世界を私に戻して｣と命じて退場。モノスタートスが｢自分を好きにならなければ、今聞いた事をザラストロに密告する｣と脅すが、そこへザラストロが現れ、モノスタートスを一喝し退場させる。母を許して欲しいと悲しむパミーナに、ザラストロは｢人間には復讐よりも愛が必要なのだ｣と歌う。
第4場　弁者に導かれたタミーノとパパゲーノは、再度沈黙の試練を言い渡されるが、パパゲーノは黙っていられず、タミーノにたしなめられる。水も無いのかと言うパパゲーノに1人の老婆が現れ、彼に水をあげ｢私の年齢は18歳と2分。私の恋人の名前はパパゲーノ｣と言い消える。3人の童子が空中船に乗って現れ、タミーノの魔法の笛、パパゲーノの銀の鈴を返し、ご馳走を与えて　沈黙を続ける様に励ます。パパゲーノは早速食べ、タミーノは静かに笛を吹き、その音を聞いてパミーナが駆けつけるが、タミーノは口をきかない。理由を聞いてもパパゲーノも何も言わないので、彼女は絶望して悲しみ去る。角笛が聞こえ、タミーノが一緒に来るように身振りで命ずるが、パパゲーノは食べるのに夢中で動かない。すると獅子が現れるので、パパゲーノはタミーノに助けを求め、彼は笛を吹いて獅子を去らせ、パパゲーノを連れて次の試練へと向かう。
第5場　タミーノを褒めたザラストロと祭司達が、パミーナを呼び次の“火、水”の試練へと進むタミーノに別れの挨拶をさせて、2人は別々の道へと別れて行く。タミーノを探しているパパゲーノが、雷鳴に泣き出してしまうと、弁者が現れ｢お前は浄められた者達の喜びを味わう事はないだろう｣と告げるが、彼は｢一杯の葡萄酒さえあればご機嫌さ｣と言う。葡萄酒で陽気になったパパゲーノが｢これで恋人でもあれば｣と歌うと、先程の老婆が現れ｢私に愛を誓わないとこれっきり女運はないよ｣と脅すので、彼がやむなく手を握った途端、老婆は彼と同じ鳥の姿をした美しいパパゲーナ(ソプラノ)に変身する。喜んで彼女を抱擁しようとするパパゲーノを弁者が止め、彼女を連れ去る。
第6場　３人の童子が嘆き悲しむあまり自殺しようとするパミーナを心配し、｢タミーノは貴方だけを愛している｣と教え、彼女を試練の場へ連れて行く。
第7場　鎧を着けた２人の男が｢火、水の試練を克服した者だけが浄められる｣と歌う。タミーノが試練に立ち向かおうとすると、パミーナが現れ２人は抱擁し合い、鎧の男達は２人で試練を受ける事を許す。パミーナが、父の作った貴方の魔法の笛を吹いてと頼み、２人は無事に試練を克服し　祭司達が２人を讃える。
第8場　自分の笛を吹いてパパゲーナを呼んでも彼女が現れないので、パパゲーノは首を吊ろうとするが、3人の童子が鈴を振りなさいと教える。振った途端パパゲーナが現れ、2人の喜びの2重唱｢Pa,Pa,Pa｣となる。モノスタートスに案内された夜の女王と3人の侍女が最後の復讐を試みるが、逆に滅ぼされる。ザラストロ、タミーノ、パミーナ、祭司達が現れ、浄められた者達を祝福する大合唱で幕となる。